Mechanismus účinku rozpustné vlákniny GOS/FOS spočívá v úpravě mikrobioty. Proces fermentace prebiotické vlákniny GOS/FOS vede ke vzniku mastných kyselin s krátkým řetězcem, z nichž butyrát poskytuje energii pro kolonocyty, snižuje pH a tím zabezpečí, že střevo osídluji zdravé prospěšné bakterie a jsou inhibované bakterie patogenní. Výsledkem je, že se zvyšuje objem střevní mikrobioty, zároveň se zvětší objem stolice a stolice se změkčí.