Mechanizmus účinku rozpustnej vlákniny GOS/FOS spočíva v úprave mikrobioty. Proces fermentácie prebiotickej vlákniny GOS/FOS vedie k tvorbe mastných kyselín s krátkym reťazcom, z ktorých butyrát poskytuje energiu pre kolonocyty, znižuje pH, a tým zabezpečuje osídlenie čreva zdravými prospešnými baktériami a inhibíciu patogénnych baktérií. V dôsledku toho sa zvyšuje objem črevnej mikroflóry, pričom sa zväčšuje objem stolice a stolica je mäkšia.